Além da evolução na forma estrutural dos animais, destacam-se também algumas tendências evolutivas na fisiologia.

Sistema Digestório

O sistema digestório dos animais pode ser incompleto, quando há apenas uma entrada e saída para a cavidade digestória no interior. Esses animais são representados pelos cnidários e platelmintos. Há também o completo, caracterizado pela presença de duas aberturas, uma é a boca e outro o ânus, por onde ocorre a eliminação dos restos de alimentos. Exemplo de filos deste grupo são os moluscos, anelídeos, nematódeos, equinodermos, artrópodes e cordados.

Os animais tem uma alimentação heterotrófica. Isso quer dizer que dependem de outros seres para se alimentar e sobreviver. Assim, o desenvolvimento do sistema digestório, ao longo do tempo, foi essencial para que pudessem aproveitar melhor os nutrientes fornecidos por esses alimentos.

Sistema Excretor

O organismo produz, por meio das células, elementos prejudiciais. Esses compostos químicos são chamados popularmente por excreções ou excretas e devem ser retirados do corpo. Nos animais que vivem na água, tais como dos filos dos poríferos e cnidários, as células liberam os excrementos através de difusão. Esses seres possuem um sistema diferente dos outros animais para a eliminação desses materiais. Os demais, possuem sistemas excretores, especializados em sua retirada.

Sistema Respiratório

O sistema respiratório é responsável por realizar as trocas gasosas para o ambiente. Com ele, os organismos conseguem energia para realização das suas atividades. Nesse sistema as moléculas orgânicas reagem com as de oxigênio dando origem a gás carbônico, água e energia. A respiração retira o gás carbônico do organismo e envia oxigênio para as células. Existem os seguintes tipos de respiração:

• Respiração Branquial: tipo de respiração que possui as brânquias como estrutura respiratória, que são dobras externas da superfície epitelial. É encontrada em animais aquáticos, tais como moluscos, anfíbios, peixes e anelídeos;
• Respiração Cutânea: tipo de respiração em que são realizadas trocas gasosas entre a superfície corporal e o ambiente. Presente em animais dos filos cnidários, platelmintos, cnidários, poríferos, dentre outros;
• Respiração Pulmonar: tipo de respiração em que as trocas gasosas são feitas entre os pulmões e o ar. Presente em aves, mamíferos, anfíbios adultos, répteis e alguns moluscos;
• Respiração Traqueal: nesse tipo, existem as traqueias que são órgãos que realizam as trocas gasosas com o ambiente. É encontrada em alguns artrópodes.

Sistema de Transporte Corporal

Esse sistema faz parte da respiração celular e nele todos os nutrientes absorvidos pelo organismo através da digestão, dos órgãos respiratórios e pela superfície corporal devem suprir as células em quantidade ideal, para que cresçam, reponham suas energias e garantam a vida de determinado organismo. O transporte corporal é feito das seguintes formas:

• Transporte por difusão: é um processo lento, mas eficiente, pois as células que realizam esse transporte estão perto da área digestória e superfícies respiratórias. Os poríferos, platelmintos e cnidários são um grande exemplo disso;
• Sistema circulatório aberto: sistema que possui vasos circulatórios com extremidades abertas, onde é feito o transporte dos fluidos (conhecidos como hemolinfa) para as hemocelas, que são cavidades corporais. Os representantes deste grupo são os artrópodes e moluscos;
• Sistema circulatório fechado: o fluido, conhecido como sangue, é transportado por meio de um sistema fechado formado por vasos sanguíneos dentro do organismo. Exemplo de filos que tem esse tipo de sistema de transporte são os anelídeos e os cordados.